Zonguldak Fen Lisesi 'nin temeli, dönemin valisi Sayın Sami Seçkin'in yoğun katkıları ile 18 Eylül 1995 tarihinde atılıp, 29 Ağustos 1996 tarihinde tamamlanarak 23 Eylül 1996'da Eğitim öğretim yılına başlamıştır. Her sene 120 kişi alır. Hemen karşısında Zonguldak Atatürk Anadolu Lisesi vardır.

Zonguldak Atatürk Anadolu Lisesi'nin arkasında Öğrenci yurdu bulunmaktadır. Öğrencilerin yarısından fazlası yurtta kalmaktadır. Öğrenci yurdu geniş, aydınlık yemekhanesi ile 300 öğrenciye yemek verecek kapasiteye sahip olup, yakın okul öğrencileri de okulun yemekhanesinden yararlanmaktadır. Öğrenci yurdu ikisi erkek öğrenciler için, biri kız öğrenciler için olmak üzere 3 bloktan oluşmaktadır. Öğrencilerin ders çalışabilmesi için 6 etüt salonu bulunmaktadır.